В эпицентр этого кошмара попадает Синдзи Икари, обычный четырнадцатилетний подросток. Его вызывают к отцу, холодному и далекому командующему оборонной организацией NERV. Но вместо долгожданной, хоть и пугающей встречи, город внезапно превращается в поле боя. Спасаясь от разрушений, Синдзи оказывается в глубине секретной базы, и его первое желание — высказать отцу всю накопившуюся боль.
Вместо этого ему приказывают сесть за штурвал одного из этих гигантских механизмов. Без подготовки, без понимания, что происходит, он оказывается единственным, кто может хоть как-то противостоять надвигающейся угрозе. Его первая битва — это не подвиг, а акт отчаяния, где страх и ненависть смешиваются с необходимостью просто выжить.